Halo ODST est un prélude à Halo 3 qui explique pourquoi les Covenants se sont attaqué à la ville de New Mombasa sur Terre. En effet, on y trouve un téléporteur pour rejoindre directement l'Arche et contrôler les sept Halos, ainsi que leur puissance de destruction, ce qui doit permettre aux Covenants d'entamer leur Grand Voyage, une purification religieuse.

La guerre sur Terre

Halo 3 débute avec l'entrée en scène du Master Chief, tombé du vaisseau Forerunner, contrôlé par le Prophète de la Vérité, qui est en route pour New Mombasa afin de rejoindre l'Arche au plus vite. Le Master Chief retrouve le sergent Johnson (présent à de nombreuses reprises dans la série : Halo Reach, Halo, Halo 2 et Halo 3) et l'informe que les Elites et les humains sont maintenant dans le même camp face aux autres races de l'Alliance Covenant. La bataille pour retrouver Cortana, ainsi que le Prophète de la Vérité, et arrêter ce dernier, a commencé. Johnson se fera d'ailleurs capturer par les Covenants quelques temps après. Le Master Chief et l'Arbiter iront ensuite le libérer avant de rejoindre le commandant Miranda Keyes dans une base de l'UNSC, non loin du complexe de Voi.

Une autre Voi

A quelques kilomètres de New Mombasa se trouve le complexe industriel de Voi près duquel est localisé le portail qui mène à l'Arche. Un lieu investi par les Covenants et le Prophète de la Vérité. Ces derniers utilisent le portail pour rejoindre l'Arche avant que les humains, le Master Chief et les parasites, venus sur Terre, ne puissent les atteindre. Après avoir vitrifié presque tout le continent africain pour endiguer la progression des parasites grâce aux Elites de l'Arbiter, le Master Chief part retrouver Cortana, qui a un plan pour éradiquer le(s) Parasite(s), alors qu'elle est à bord du vaisseau capital Covenant désormais aux mains des parasites. Pour en finir, l'idée est de reconstruire le quatrième Halo, grâce à l'Arche, et de le déclencher prématurément (un anneau ne peut être utilisé quelques jours après avoir été reconstruit), ce qui engendrera la destruction de l'Arche et de l'anneau, ainsi que celle des parasites, la majorité de ces derniers se trouvant sur l'Arche, avec le Fossoyeur, pour mener un assaut final.

Entre temps, le Master Chief et l'Arbiter trouvent le Prophète de la Vérité et le tuent. L'Elite, le Spartan et Cortana mettent leur plan à exécution et détruisent les parasites, ainsi que les troupes Covenants, en faisant exploser l'Arche, ainsi que le nouvel anneau censé remplacer le quatrième Halo. Ils tentent ensuite de s'enfuir en passant un portail interstellaire à bord d'un vaisseau humain. Mais celui-ci est coupé en deux au moment de la destruction de l'Arche. Ainsi, l'Arbiter parvient à prendre le portail et à retourner sur Terre alors que Cortana et le Chief se retrouvent à errer dans le cosmos à bord de l'autre moitié du vaisseau... Le Spartan entre alors dans un sommeil cryogénique, tandis que Cortana active un signal de détresse dont elle sait qu'il mettra plusieurs années avant d'être capté et de donner lieu éventuellement, à un sauvetage...