Le premier épisode de la série Halo se déroule aussi en 2552 et fait directement suite à l'épisode Halo Reach. Il introduit dans la saga le premier de tous les Spartans, John-117, alias le Master Chief (ou Major en français). Il n'est pas le plus fort des Spartans mais le plus équilibré, et il fut choisi par le docteur Halsey pour travailler en collaboration avec Cortana, une I.A particulièrement avancée. Il survécut à la chute de Reach et embarqua lui aussi à bord du croiseur Pillier de l'Automne.

Le retour du Parasite

Le vaisseau Pillier de l'Automne s'écrase sur le quatrième anneau (Halo) des Forerunners suite à une attaque Covenant. Le capitaine du croiseur, Keyes, est enlevé par les Covenants après le crash. Le Master Chief et Cortana le retrouvent dans un croiseur Covenant. Pendant qu'ils lui portent secours, les Covenants libèrent par accident des parasites d'un centre de recherche des Forerunners caché sur l'anneau.

Contenir le(s) Parasite(s)

L'intelligence artificielle 323 Guilty Spark, responsable du quatrième anneau pour le compte des Forerunners, tente d'endiguer la propagation du Parasite. Pendant son combat il croise le Master Chief qu'il convainc de retrouver l'Index qui active le Halo et qui détruira ainsi l'infection du Parasite. Notre héros y parvient mais Cortana l'arrête en lui expliquant qu'activer le Halo équivaut à éradiquer toutes les races de la galaxie, pas seulement les parasites.

La destruction du quatrième anneaux (Halo Alpha)

Master Chief et Cortana décident de faire exploser le quatrième anneau pour éviter qu'il ne nuise à la galaxie toute entière, et pour détruire par la même occasion les parasites libérés sur cet Halo. Pour cela il doivent activer l'autodestruction du vaisseau Piller de l'Automne, qui ne peut être enclenchée que par le capitaine Keyes, depuis infecté par le Parasite. John-117 le retrouve et récupère les codes d'accès servant à lancer l'autodestruction du vaisseau. Malheureusement l'I.A 323 Guilty Spark bloque le compte à rebours, car sa raison d'être est de protéger l'anneau. Master Chief fait alors exploser les moteurs du Piller de l'Automne pour détruire le quatrième Halo et éradiquer le Flood (ou parasite).