Octobre 2012, Italie : Desmond Miles

Après avoir poignardé Lucy malgré lui, Desmond est en état de choc et son esprit risque de se fragmenter à cause de ses fréquents voyages dans le temps à incarner ses ancêtres via l'Animus. Les assassins modernes le replongent alors dans la machine afin de le sauver. Le sujet 16, dont le corps n'est plus mais dont l'esprit a survécu, attend Desmond dans les entrailles de l'Animus pour lui expliquer qu'il doit reconstituer les derniers souvenirs de son ancêtre, ceci afin de dissocier sa vie de celle d'Ezio et retrouver sa stabilité mentale avant qu'il ne soit trop tard.

1509, Italie : Ezio Auditore

Tout en menant de front sa vie de famille et la construction de la confrérie italienne des assassins à travers tout le pays, Ezio découvre une lettre que son père, Giovanni, a rédigé avant sa naissance. Elle parle d'une bibliothèque secrète sous les fondations de la forteresse de Masyaf, lieu dans lequel les assassins de la Terre Sainte, ainsi qu'Altaïr (Assassin's Creed), vécurent plus de 300 ans auparavant. En 1510 Ezio décide donc de quitter son pays pour se rendre en Syrie, sur les traces de son ancêtre. Pour entrer dans la bibliothèque, Ezio doit retrouver les cinq clés qui ouvrent une porte scellée. Ses recherches le mènent à Constantinople, cité Ottomane dans laquelle il est mêlé au conflit local pour la succession du trône. Il apporte ses connaissances à la confrérie des assassins locaux et parvient à récupérer les clés, qui sont en fait des fragments de la mémoire d'Altaïr. Ezio revit de cette manière certains passages de la vie de son ancêtre. Dans la bibliothèque Ezio trouve la dépouille de son aïeul qui tient un fragment entre ses mains squelettiques. Les derniers souvenirs d'Altaïr sont alors dévoilés à Ezio et par la même occasion à Desmond. Ces derniers parviennent finalement à se parler à travers le temps et découvrent qu'Altaïr possède lui-même une autre "Pomme" d'Eden.

Octobre 2012, Animus : Desmond Miles

Desmond retrouve sa conscience dans un nexus temporel dans lequel il rencontre Jupiter, qui comme Minerve et Junon, fait partie des leaders de la "première civilisation". L'ancien explique alors à Desmond que lui et ses comparses façonnèrent des temples consacrés à six méthodes de sauvegarde la terre (coincidence : il y a six pommes d'Eden parmi les cinquante fragments/artefacts). Mais elles échouèrent toutes et ce fût la fin du monde, comme l'expliqua Minerve à Ezio et Desmond à la fin de Assassin's Creed II. 10000 humains et quelques êtres de la race des créateurs survécurent puis travaillèrent ensemble pour restaurer et protéger le monde des catastrophes futures. Jupiter dit ensuite à Desmond de se rendre dans un endroit précis, apparemment situé aux Etats-Unis, pour retrouver les travaux qui pourront sauver le monde. Desmond s'éveille enfin et explique à ses comparses assassins, que son père à rejoint entre temps, qu'il sait désormais quoi faire... Ainsi se clôt Assassin's Creed Revelations.