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Septembre 2012, Abstergo Industries : Desmond Miles
Desmond Miles, barman de son état, est le héros principal de la saga Assassin's Creed. En tant qu'héritier des assassins modernes, il a été kidnappé par Abstergo, une société contrôlée par l'ordre des Templiers. Les chercheurs de cette organisation sont parvenus à créer un appareil, l'Animus, qui permet de revivre des séquences des vies de nos ancêtres grâce à la mémoire génétique. Desmond est ainsi devenu l'un des sujets (le sujet 17 pour être précis) de cette expérience car les responsables des Templiers cherchent quelque chose qui semble enfoui dans sa mémoire et celle de ses prédécesseurs. Le voilà alors propulsé dans les méandres de l'Histoire afin de se "synchroniser" avec la vie d'Altaïr, son ancêtre assassin du XIIième siècle, au moment de la troisième croisade en Terre Sainte.
1191, Terre Sainte : Altaïr Ibn-La'Ahad
Altaïr est un membre d'élite d'une confrérie d'assassins palestinienne dirigée par leur mentor, Al Mualim. Lui et ses acolytes tentent de libérer la Terre Sainte des croisades et de l'emprise des Templiers. Mais Altaïr ignore le crédo des Assassins lors d'une de ses missions et met ses frères d'arme en danger. Ses actions engendrent de surcroît la colère des Templiers qui prennent d'assaut la forteresse de Masyaf, le repère des assassins. Altaïr se voit alors destitué de son rang et perd ses armes de prédilection. Afin de retrouver son statut et de continuer la lutte, il doit ensuite abattre des cibles désignées par Al Mualim. Au fur et à mesure de l'aventure, Altaïr prend conscience que toutes ses victimes sont des Templiers qui cherchent à faire le bien grâce à l'Orbe d'Eden (ou Pomme d'Eden), un puissant artefact détenu par Al Mualim, capable de réaliser des miracles, voire de contrôler l'esprit humain. Altaïr comprend ensuite que son mentor veut utiliser les pouvoirs de l'Orbe pour ses ambitions personelles : enlever aux hommes leur libre arbitre et les contrôler afin d'éviter qu'ils ne s'entretuent au nom de la religion. L'assassin, préférant laisser les hommes faire leurs propres choix, tue son maître et devient le possesseur de l'Orbe, ainsi que le leader de son ordre après une lutte de pouvoir avec l'un de ses frères assassins.
Septembre 2012, Abstergo Industries : Desmond Miles
Grâce aux souvenirs d'Altaïr, acquis au travers de la mémoire génétique de Desmond, Abstergo est désormais en possession de la carte des fragments d'Eden, qui indique l'emplacement d'autres artefacts aux capacités extraordinaires. Les dirigeants d'Abstergo veulent en récupérer certains afin de dominer le monde au moyen d'un satellite équipé de plusieurs fragments. Desmond n'étant plus d'aucune utilité aux Templiers d'Abstergo, ces derniers veulent le supprimer mais Lucy Stillman, l'assistante du docteur Warren Vidic, l'homme en charge du projet Animus, parvient à convaincre ses responsables de garder notre héros en vie. Le périple de Desmond se termine alors sur d'étranges symboles qu'il semble être le seul capable de voir (grâce à la Vision de l'Aigle apparemment héritée de son ancêtre Altaïr) sur le mur de sa chambre dans le laboratoire d'Abstergo. Ces symboles ont été laissés par le sujet précédent (le sujet 16) qui occupait cette pièce avant Desmond...